目前，企业兼并重组正面临两个方面难题，一是跨区整合难，地方政府出台限制性措施，外来企业无能为力；二是整合企业资金缺口大，兼并重组所需资金来源无保障。
在国务院下发的文件中，也将上述两个问题作为推进企业兼并重组的重要工具。
破除地方保护障碍
《意见》指出，企业兼并重组中存在一大制度性障碍，即地方保护主义。
按照国务院安排，国家将着力清理限制跨地区兼并重组的规定，破除市场分割和地区封锁，尤其取消各地区自行出台的限制外地企业对本地企业实施兼并重组的规定。
然而，实现企业跨区整合的前提是协调地区之间的利益关系。
《意见》称，在不违背国家有关政策规定的前提下，地区间可根据企业资产规模和盈利能力，签订企业兼并重组后的财税利益分成协议，妥善解决企业兼并重组后工业增加值等统计数据的归属问题，实现企业兼并重组成果共享。
“此举意味着国家将推进企业跨区域整合，清理企业整合过程中的地方保护主义，合理地方之间利益分配。”中国煤炭经济研究会秘书长赵家廉说。
以煤炭为例，根据本报记者了解，目前各地煤炭企业正在进行或已经完成的重组均依靠本省力量推动，由于行政阻隔，跨地区跨省域整合比较少。其原因，恰恰是各地自行出台的“地方保护主义”政策。
以山西为例，山西各地均以省内国有煤炭大集团为主导，将“山西焦煤、同煤、晋煤煤运、阳泉煤业、潞安矿业和山西煤炭运销、山西煤炭进出口公司”作为主要兼并主体。地方主体企业、地方骨干煤矿企业、省内外其它煤炭集团只是山西煤炭大集团的补充。
冀中能源、中煤集团是为数不多的参与山西煤炭整合的非本土企业。
河南省政府规定，其兼并重组主体为6家大型地方国企：中平能化集团、河南煤化集团、义煤集团、郑煤集团、神火集团和河南省煤层气开发利用有限责任公司。同时，该省政府规定，所有重组主体企业在所兼并重组煤矿中所占股权比例不得低于51%。
内蒙古煤炭兼并重组同样以当地企业为主。在新一轮煤炭整合开始之际，内蒙古煤炭局要求，当地新建井工煤矿规模不低于120万吨、露天煤矿规模不低于300万